灭活疫苗是指病原微生物经培养、增殖，用物理化学方法灭活以去除其增殖能力后制成的疫苗，是不含活微生物体疫苗的一种。
灭活疫苗所用生产菌毒种不必需要减毒或弱毒株，但必须使用灭活剂灭活病原体。因此，可以灭活可能在生产过程中引入的潜在外源因子。灭活疫苗要经过严格的灭活试验验证病原体是否灭活，使用者较安全，无活疫苗毒性恢复的潜在危险。
当然，灭活疫苗也存在一定的缺点，在灭活过程中可能破坏或改变有效的抗原决定簇，影响免疫效果，免疫程序需多次接种和加强。维持免疫效果时间短，抗原量要求大，成本较高，且不易产生局部免疫。常见的灭活疫苗有流感全病毒灭活疫苗、甲型肝炎灭活疫苗、乙型脑炎灭活疫苗、狂犬病疫苗、三价脊髓灰质炎灭活疫苗等。
